Det kol som bundits under assimilationen slutar som förna på marken, som döda rötter eller som enskilda växter. Träden koncentrerar betydande mängder kol till rötterna och till sina mykorrhizasymbionter. Kol hamnar också på marken då det sköljs av eller löses ur trädkronan.
Kol som på ett eller annat sätt hamnat på marken frigörs långsamt som koldioxid till atmosfären. Det totala koldioxidutsläppet ur olika källor i marken kallas markandning.
Det består i huvudsak av två komponenter: 1) rötternas andning för sin försörjning och tillväxt samt 2) sönderspjälkning av dött organiskt material. Det kol som finns i dött organiskt material är näring för de nedbrytande organismerna i marken.
Som en följd av deras verksamhet frigörs koldioxid. I allmänhet utgår man från att spjälkningens och rötternas andel av andningen är ungefär lika stora, men enligt vetenskapliga undersökningar varierar andelarna mellan 30 och 70 % av markandningen.
I våra forskningsskogar har vi konstaterat att markandningen under ett år frigör ungefär hälften av den mängd kol som träden bundit genom assimilationen.
Många faktorer inverkar på hur snabb markandningen är, men särskilt mycket inverkar markens temperatur och fuktighet. De nedbrytande organismernas och rötternas aktivitet är allt större ju varmare marken är och sålunda är också markandningen intensiv i varm jord. Å andra sidan behöver både rötterna och de nedbrytande organismerna också fuktighet för att fungera. Då marken torkar sjunker deras aktivitet och därmed också markandningen.
