Metod för att mäta markrespirationen är ganska enkel. Vi satt kammaren på market och följer med hur koldioxidhalten förändras i kammarens luftrum. Om markvegetation binder koldioxid till sig, koldioxidhalten sjunker i kammaren. Koncentrationen stiger däremot eftersom växter och marken samtidigt andas ut koldioxid.
Då kammaren är stängd mätas förändringarna i koldioxidhalten och ur uppgifterna räknar vi ut koldioxid flux från marken en viss period. Mätprincipen är i själva verket mycket enkel och därför används allmänt i växtfysiologis forskning. Kamrarna stängs och öppnas automatiskt så mätprincipen är ganska oberoende. De mätkammarna är genomskinliga och ventilerade. De följer således förändringarna i den yttre luftens miljöfaktorer, likasom ljus, temperatur och luftfuktighet under dagen och enligt årstiden.
