Assimilationen kan mätas på många olika sätt. Den metod vi använder är att följa hur koldioxiden binds. Vi sluter in en liten del av växten i en kammare och följer med hur koldioxidhalten förändras i kammarens luftrum. Om växten binder koldioxid sjunker koldioxidhalten i kammaren, medan halten däremot stiger då växten andas ut koldioxid. Ur förändringarna i halten kan vi räkna ut hur snabbt koldioxid byts ut mellan växten och luften som omger den.
Mätprincipen är i själva verket mycket enkel och därför används kammare allmänt i växtfysiologisk forskning då man mäter gasutbytet mellan en växt och atmosfären. Vi använder många olika modeller av kammare, beroende på växtsättet hos den växt som ska mätas, mätningsomständigheterna samt hur täta mätningar som behövs. För att följa med kolträdets aktivitet vill vi ha mätningar så tätt som möjligt året runt. Trots den enkla principen är det en krävande uppgift att få mätningarna att fungera, eftersom trädet är 16 meter högt och växer mitt i skogen och eftersom de isande vinterförhållandena är mycket svåra.
De mätkammare vi använder är genomskinliga och ventilerade. De följer således förändringarna i den yttre luftens miljöfaktorer, så som ljus, temperatur och luftfuktighet under dagen och enligt årstiden. Kamrarna stängs och öppnas automatiskt. Då kammaren är stängd registreras förändringarna i koldioxidhalten och ur uppgifterna räknar vi ut hastigheten för koldioxidutbytet.
De svarta cirkarna i figuren för koldioxidhalten visar koldioxidhalten i en mätkammare som innehåller ett tallskott. Den tid då mätkammaren är stängd anges med ljusblått. Här infaller det mitt på dagen då skottet är aktivt. Halten sjunker i kammaren, vilket innebär att koldioxid transporteras in i skottet och binds genom assimilation. Som jämförelse illustrerar de vita cirklarna en situation då kammaren är tom och alltså inte innehåller vare sig koldioxidkällor eller kolsänkor. Koldioxidhalten i kammaren förändras alltså inte.
